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2年後、ラクスを暗殺するための特殊部隊からラクスを守るために、キラが搭乗して戦闘を行う。以後、あちこちの戦場で戦闘するが、ザフトの「エンジェル・ダウン作戦」において[[インパルスガンダム]]によって撃墜され、爆散した。

2年後、ラクスを暗殺するための特殊部隊からラクスを守るために、キラが搭乗して戦闘を行う。以後、あちこちの戦場で戦闘するが、ザフトの「エンジェル・ダウン作戦」において[[インパルスガンダム]]によって撃墜され、爆散した。

フリーダムはこれにより完全に大破するものの、キラは軽傷で生還した。この戦闘において、成長したキラの反応速度には本機ですら追い付けなくなっており、[[ラクス・クライン]]から戦争を終わらせる新たな剣を託されることとなる。

フリーダムはこれにより完全に大破するものの、キラは軽傷で生還した。この戦闘において、成長したキラの反応速度には本機ですら追い付けなくなっており、[[ラクス・クライン|ラクス]]から戦争を終わらせるための[[ストライクフリーダムガンダム|新たな剣]]を託されることとなる。

なお、アニメではフリーダムが撃墜された際に明らかに核爆発級の大爆発が起こっており、またコックピットの真下を対艦刀が貫通しているため、どう考えても軽傷で済むわけが無い。これに関しては後に「撃墜される直前に咄嗟に核エンジンを停止させた為無事だった」と説明されたが、これはバックパックの一部、及びコクピット以外の全ての破損パーツを切り離したため。ザフトのMSはすべて設定で破損したパーツを細かい単位で切り離すことができ、他の場所の破損の誘発を防ぐ機能があるとされており、また、フリーダムの設定にはエネルギー消費が高いバラエーナを安定して使用するためにバックパックに巨大なコンデンサがあったと考えられているため、それらが爆発したと考えられている。

なお、アニメではフリーダムが撃墜された際に明らかに核爆発級の大爆発が起こっており、またコックピットの真下を対艦刀が貫通しているため、どう考えても軽傷で済むわけが無い。これに関しては後に「撃墜される直前に咄嗟に核エンジンを停止させた為無事だった」と説明されたが、これはバックパックの一部、及びコクピット以外の全ての破損パーツを切り離したため。ザフトのMSはすべて設定で破損したパーツを細かい単位で切り離すことができ、他の場所の破損の誘発を防ぐ機能があるとされており、また、フリーダムの設定にはエネルギー消費が高いバラエーナを安定して使用するためにバックパックに巨大なコンデンサがあったと考えられているため、それらが爆発したと考えられている。