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TV版クライマックスである第弐拾伍話と最終話はそれまでの作劇から一転、突如シンジ達の精神世界の描写となり、ある種の「現実逃避」に等しい結末から、賛否を巻き起こした（その原因・解釈については諸説ある）。<br />
TV版クライマックスである第弐拾伍話と最終話はそれまでの作劇から一転、突如シンジ達の精神世界の描写となり、ある種の「現実逃避」に等しい結末から、賛否を巻き起こした（その原因・解釈については諸説ある）。
映画版は批判的意見も多かったこの二話に対して「もう一つの最終話」として製作されたものであったが、製作の遅れから二部に分けての公開となり、前者は1話～24話の再編集と25話（Air）冒頭のみ、後者において新たなる最終話としての25話・26話（まごころを、君に）が公開されることとなった。
映画版は批判的意見も多かったこの二話に対して「もう一つの最終話」として製作されたものであったが、製作の遅れから二部に分けての公開となり、前者は1話～24話の再編集と25話（Air）冒頭のみ、後者において新たなる最終話としての25話・26話（まごころを、君に）が公開されることとなった。