差分

:前日譚の[[蒼穹のファフナー|TV版]]と共に初参戦。第3部（蒼穹作戦から約3か月後）からストーリーが展開される。

:前日譚の[[蒼穹のファフナー|TV版]]と共に初参戦。第3部（蒼穹作戦から約3か月後）からストーリーが展開される。

:美羽に関しては流石に「成長期」では済まないため、「フェストゥム因子の影響か、生後2ヶ月足らずで2年分の成長を遂げている」という理由付けで辻褄を合わせている（原作にもある設定だが、それよりも更に早まっている）。TV版との同時参戦の上、TV版シナリオが長いため、劇場版から登場するキャラクターの参戦が非常に遅いのがネックだが、ファフナーシリーズが高待遇の本作においては欲と言うものか（そのためか、後輩組はキャンペーンマップによく登場する）。

:美羽に関しては流石に「成長期」では済まないため、「フェストゥム因子の影響か、生後2ヶ月足らずで2年分の成長を遂げている」という理由付けで辻褄を合わせている（原作にもある設定だが、それよりも更に早まっている）。TV版との同時参戦の上、TV版シナリオが長いため、劇場版から登場するキャラクターの参戦が非常に遅いのがネックだが、ファフナーシリーズが高待遇の本作においては欲と言うものか（そのためか、後輩組はキャンペーンマップによく登場する）。

:劇場版のストーリーが始まる頃には出撃機体がとっくに固まってしまっている場合が多いため、一気に加入する後輩組は出撃させ辛く、TV版からの続投組も大半は純粋なパワーアップとは言い難い仕様変更が行われているため、機体の運用には頭を悩ませる。

:劇場版のストーリーが始まる頃には出撃機体がとっくに固まってしまっている場合が多いため、一気に加入する後輩組は出撃させ辛く、TV版からの続投組もザインの最強武器の属性変更を筆頭に運用方法の変更を余儀なくされたり、それまでの育成方針が無駄になるような純粋なパワーアップとは言い難い仕様変更が行われているため、機体の運用には頭を悩ませる。

:しかし原作再現はしっかりと行われ、[[羽佐間翔子|原作TV版では]][[日野道生|死亡してしまった]][[小楯衛|キャラクター]]との掛け合いも豊富に用意されているので、愛があれば十分活躍させることが可能。更に条件を満たせば[[来主操]]を自軍に加入させることができる。

:しかし原作再現はしっかりと行われ、[[羽佐間翔子|原作TV版では]][[日野道生|死亡してしまった]][[小楯衛|キャラクター]]との掛け合いも豊富に用意されているので、愛があれば十分活躍させることが可能。更に条件を満たせば[[来主操]]を自軍に加入させることができる。

:なお、本作では最終的にヘスターが死亡したりマークニヒトが失われるなど結果的にではあるが'''『蒼穹のファフナー EXODUS』へと繋がるフラグは軒並み砕け散っている。'''

:なお、本作では最終的にヘスターが死亡したりマークニヒトが失われるなど結果的にではあるが'''『蒼穹のファフナー EXODUS』へと繋がるフラグは軒並み砕け散っている。'''