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ただし例外として、『[[電脳戦機バーチャロン マーズ|電脳戦機バーチャロン]]』関連の原作再現に関しては同作品のプロデューサーであったSEGAの亙重郎氏が直接執筆しただけあって高い評価を得ている。しかしそれ故に他の部分との質の差が浮き上がってしまっている。
ただし例外として、『[[電脳戦機バーチャロン マーズ|電脳戦機バーチャロン]]』関連の原作再現に関しては同作品のプロデューサーであったSEGAの亙重郎氏が直接執筆しただけあって高い評価を得ている。しかしそれ故に他の部分との質の差が浮き上がってしまっている。
システム面においては[[小隊]]システムの一種である「パートナーバトルシステム」が実装された。他のスパロボの小隊と違い、単機運用と小隊運用のどちらでもメリット/デメリットがあるという独自の戦略性を持たせようとしたシステムだったが、単機運用での特典「アタックコンボ」が強すぎて、わざわざ小隊を組む必要が無いアンバランスな点が目立つ結果となった。この「パートナーバトルシステム」自体はL以降の携帯機シリーズでも続投しているが、バランスは大きく是正されている。
他方、戦闘グラフィックに関しては前作Wから確実な進歩を遂げている。DSで搭載された液晶の低い画面解像度と、それと比較して容量の多いRAM（メインメモリの意、DSはPS1の倍の容量）という特性を逆手に取る事で、カットインを少ない描き込みで実現した上でそれを更にアニメーションさせるという、高解像度の据え置き機では実現が難しくなった演出が取り入れられた。
他方、戦闘グラフィックに関しては前作Wから確実な進歩を遂げている。DSで搭載された液晶の低い画面解像度と、それと比較して容量の多いRAM（メインメモリの意、DSはPS1の倍の容量）という特性を逆手に取る事で、カットインを少ない描き込みで実現した上でそれを更にアニメーションさせるという、高解像度の据え置き機では実現が難しくなった演出が取り入れられた。