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:主人公機に3名の専属サブパイロットが存在し、1名だけ[[乗り換え]]させられる。それぞれ[[精神コマンド]]が異なる他、機体に異なる[[能力]]ボーナスを与える。また各サブパイロットの出撃回数は後継機の最強武器の解禁フラグや、エンディングにまで影響を及ぼす。特定のパートナー無しというエンディングも存在するため、全EDを見るには最低8周が必要となる。
:主人公機に3名の専属サブパイロットが存在し、1名だけ[[乗り換え]]させられる。それぞれ[[精神コマンド]]が異なる他、機体に異なる[[能力]]ボーナスを与える。また各サブパイロットの出撃回数は後継機の最強武器の解禁フラグや、エンディングにまで影響を及ぼす。特定のパートナー無しというエンディングも存在するため、全EDを見るには最低8周が必要となる。
;再出撃
;再出撃
:[[ナデシコ]]と[[アークエンジェル]]にのみ、新しく『'''[[交代]]'''』の[[改造]]項目が登場。改造段階は3で固定。1マップにつき改造した回数だけ、未出撃のユニットを搭載したユニットと交代できるようになった。一度交代で離脱したユニットは、マップクリアまで再使用できない。
:[[ナデシコ]]と[[アークエンジェル]]にのみ、新しく「'''[[交代]]'''」の[[改造]]項目が登場。改造段階は3で固定。1マップにつき改造した回数だけ、未出撃のユニットを搭載したユニットと交代できるようになった。一度交代で離脱したユニットは、マップクリアまで再使用できない。
;クリアエディット
;クリアエディット
:2周目以降は主人公が覚える精神コマンドを、作中の全てのコマンドから自由に選択できるようになった。また敵機の改造段階も選択可能で、1周ごとに3段階ずつ上限が増加、最終的には20段階で選択できる。
:2周目以降は主人公が覚える精神コマンドを、作中の全てのコマンドから自由に選択できるようになった。また敵機の改造段階も選択可能で、1周ごとに3段階ずつ上限が増加、最終的には20段階で選択できる。
:従来作では一定の確率で攻撃を回避していたが、本作では自分と敵の[[技量]]差によって発動率が変化するようになった。以降携帯機シリーズでは標準仕様となっている。
:従来作では一定の確率で攻撃を回避していたが、本作では自分と敵の[[技量]]差によって発動率が変化するようになった。以降携帯機シリーズでは標準仕様となっている。
;防御系技能（[[シールド防御]]・[[切り払い]]・[[撃ち落とし]]）の仕様変更
;防御系技能（[[シールド防御]]・[[切り払い]]・[[撃ち落とし]]）の仕様変更
:（『[[D]]』までの[[ニュータイプ]]などのような）他の特殊技能の存在による補正の変化を廃止し、パイロットごとに固有の補正値が設定されるようになった。これも以降の携帯機シリーズで標準仕様となった。
:（『D』までの[[ニュータイプ]]などのような）他の特殊技能の存在による補正の変化を廃止し、パイロットごとに固有の補正値が設定されるようになった。これも以降の携帯機シリーズで標準仕様となった。
:またこれらの技能を技能欄に表示せず、アイコンでのみ示されるが、これは同作限りの仕様に留まっている。
:またこれらの技能を技能欄に表示せず、アイコンでのみ示されるが、これは同作限りの仕様に留まっている。
;搭載の仕様変更
;搭載の仕様変更
本作では「'''回避力を上げすぎて敵機の攻撃が全て命中率0%になると、その敵からは狙われなくなる'''」という仕様がある（ただし特定のユニットを狙うと設定されているキャラのみ0%でも攻撃を仕掛けてくる）。これにより、リアル系は回避能力を上げ過ぎないようにしないと回避からの反撃ができなくなった。ただし素の命中率が1%以上あり、[[精神コマンド]]込みで命中率0%になる場合は通常通り狙われる。これも合わせ囮役は「'''[[バリア]]持ち、[[鉄壁]]が使える、バリアで減ったENを回復させる手段を持つ'''」の3つを持つ事が重要となり、それをすべて併せ持つ[[ナデシコ]]とゼオライマーの使いやすさが際立つこととなった。一方リアル系はコンボ武器が2機体除き未消費のMS勢&SPT勢&AS勢、消費するがEN回復持ちでカバーできる[[ブレンパワード]]、高威力の合体攻撃が毎ターンEN完全回復で使いたい放題の[[エステバリス]]、魂持ち+超威力の合体攻撃持ちで爆発力が際立つ[[テッカマンブレード]]（withベガス）と、トドメに適した機体が非常に多い。この事から「'''援護防御の働かない[[エネミーフェイズ]]にてスーパー系を囮にして体力を大幅に削り、[[プレイヤーフェイズ]]ではリアル系のコンボで援護防御を無視して数を減らす'''」という今までとは変わったゲームバランスになっている。
本作では「'''回避力を上げすぎて敵機の攻撃が全て命中率0%になると、その敵からは狙われなくなる'''」という仕様がある（ただし特定のユニットを狙うと設定されているキャラのみ0%でも攻撃を仕掛けてくる）。これにより、リアル系は回避能力を上げ過ぎないようにしないと回避からの反撃ができなくなった。ただし素の命中率が1%以上あり、[[精神コマンド]]込みで命中率0%になる場合は通常通り狙われる。これも合わせ囮役は「'''[[バリア]]持ち、[[鉄壁]]が使える、バリアで減ったENを回復させる手段を持つ'''」の3つを持つ事が重要となり、それをすべて併せ持つ[[ナデシコ]]とゼオライマーの使いやすさが際立つこととなった。一方リアル系はコンボ武器が2機体除き未消費のMS勢&SPT勢&AS勢、消費するがEN回復持ちでカバーできる[[ブレンパワード]]、高威力の合体攻撃が毎ターンEN完全回復で使いたい放題の[[エステバリス]]、魂持ち+超威力の合体攻撃持ちで爆発力が際立つ[[テッカマンブレード]]（withベガス）と、トドメに適した機体が非常に多い。この事から「'''援護防御の働かない[[エネミーフェイズ]]にてスーパー系を囮にして体力を大幅に削り、[[プレイヤーフェイズ]]ではリアル系のコンボで援護防御を無視して数を減らす'''」という今までとは変わったゲームバランスになっている。
また[[ナデシコ]]のような強力な多人数乗りユニットと、指定したユニットのパイロット全員の[[精神ポイント]]を回復する[[精神コマンド]]『[[献身]]』の組み合わせが猛威を振るい、他の強力な精神コマンドと併せて使うことで最強武器の連発を容易としていた。
また[[ナデシコ]]のような強力な多人数乗りユニットと、指定したユニットのパイロット全員の[[精神ポイント]]を回復する[[精神コマンド]]「[[献身]]」の組み合わせが猛威を振るい、他の強力な精神コマンドと併せて使うことで最強武器の連発を容易としている。
歴代でも、[[分身]]系能力を所持する機体が敵味方問わず極めて多い。しかし本作には[[感応]]が存在しないため、[[必中]]や[[直撃]]の無いパイロットでは手軽な対処ができない。
歴代でも、[[分身]]系能力を所持する機体が敵味方問わず極めて多い。しかし本作には[[感応]]が存在しないため、[[必中]]や[[直撃]]の無いパイロットでは手軽な対処ができない。
新規参戦は★の4作品。
新規参戦は★の4作品。
『[[第2次スーパーロボット大戦|第2次]]』から『[[第3次スーパーロボット大戦α|第3次α]]』まで、[[バンプレストオリジナル|オリジナル]]関連の要素は、独立した参戦作品として扱われていたが、本作以降の公式サイトなど、参戦作品とは別「（バンプレスト）オリジナル」として紹介されているため、参戦作品として扱わない（例外として『[[スーパーロボット大戦MX PORTABLE|MX PORTABLE]]』、『[[スーパーロボット大戦Scramble Commander the 2nd|SC2]]』2作のみ、オリジナルは参戦作品として扱い）。
『[[第2次スーパーロボット大戦|第2次]]』から『[[第3次スーパーロボット大戦α|第3次α]]』まで、[[バンプレストオリジナル|オリジナル]]関連の要素は、独立した参戦作品として扱われていたが、本作以降の公式サイトなど、参戦作品とは別「（バンプレスト）オリジナル」として紹介されているため、参戦作品として扱わない（例外として『[[スーパーロボット大戦MX PORTABLE|MX PORTABLE]]』、『[[スーパーロボット大戦Scramble Commander the 2nd|SC2]]』の2作のみ、オリジナルは参戦作品として扱われている）。
*[[機動武闘伝Gガンダム]]
*[[機動武闘伝Gガンダム]]
*[[冥王計画ゼオライマー]]
*[[冥王計画ゼオライマー]]
シリーズとしては初めてゲッターが不登場となり、所謂[[御三家]]（マジンガー、ゲッター、ガンダム）が揃わない形となった（ただし本作以前に発売された、3部構成の『[[スーパーロボット大戦COMPACT2]]』では、第2部にゲッターが登場していない）。[[ガンダムシリーズ]]においても[[宇宙世紀]]系作品が不登場となり、本作以降携帯機シリーズのガンダム作品の軸は[[コズミック・イラ]]系作品へとシフトされている。前作（D）からの続投は一作品もない（ただしマジンガー系のキャラ・機体は別出展名義で参加してる）。
シリーズとしては初めてゲッターが不登場となり、所謂[[御三家]]（マジンガー、ゲッター、ガンダム）が揃わない形となった（ただし本作以前に発売された、3部構成の『[[スーパーロボット大戦COMPACT2]]』では、第2部にゲッターが登場していない）。[[ガンダムシリーズ]]においても[[宇宙世紀]]系作品が不登場となり、本作以降携帯機シリーズのガンダム作品の軸は[[コズミック・イラ]]系作品へとシフトされている。前作（D）からの続投は一作品もない（ただしマジンガー系のキャラ・機体は別出展名義で参加している）。
新規枠ではロボットアニメではないテッカマンブレードが参戦した。また『[[フルメタル・パニック？ふもっふ]]』もロボットアクションを主題としない所謂日常系コメディ作品である。
新規枠ではロボットアニメではないテッカマンブレードが参戦した。また『[[フルメタル・パニック？ふもっふ]]』もロボットアクションを主題としない所謂日常系コメディ作品である。