「全話一覧/MX」を編集中

*全55話。話数表記は「Chapter ○」
*2度の選択分岐あり
*フリーオーダーシステムにより一部シナリオの順番を選択可能

=== シーン0　プロローグ ===
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| rowspan="2" |
! colspan="2" | リアル系 !! colspan="2" | スーパー系
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! タイトル !! マップ !! タイトル !! マップ
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| 第1話 || 追撃者 || 地球周辺宙域 || 来訪者、彼方より || [[宇宙科学研究所]]
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| 第2話 || D and E || 洋上 || 不滅のマシン ゲッターロボ || [[早乙女研究所]]
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|} 


=== シーン1　過去からの警鐘 ===
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! タイトル !! マップ
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| 第3話 || 神人目覚める || [[TOKYO JUPITER]]近海
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| rowspan="3" | 第4～6話（選択） || 碧い奇跡 || 星見町
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| 悪夢のガンダムファイト || 関東廃墟
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| 仮面の下の悲しき瞳 || 宇宙科学研究所
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| 第7話 || 冥府の王、その名は「天」 || 富士樹海
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=== シーン2　巨神達の邂逅 ===
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! タイトル !! マップ
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| 第8話 || CONFLICT || [[第3新東京市]]
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| 第9話 || 狙われたラ・ムーの星 || [[ムトロポリス]]
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| rowspan="3" | 第10～12話（選択） || 操られた魔神 || ロボット博物館
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| do justice to || 京都
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| 燃ゆる透水、凍る鬼火 || 早乙女研究所
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| 第13話 || 機械神の邂逅 || ニライカナイ
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| 第14話 || 危機へのCOUNT DOWN || 星見町
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=== シーン3　軍神の使者・激動の大陸 ===
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! rowspan="2" | 選択分岐 !! colspan="2" | 軍神の使者<br />（月へ向かう） !! colspan="2" | 激動の大陸<br />（[[重慶]]へ向かう）
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! タイトル !! マップ !! タイトル !! マップ
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| 第15話 || 揺れる螺旋、甦る記憶 || [[螺旋城]] || 双翼に絆を乗せて || 宇宙科学研究所
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| rowspan="2" | 第16、17話（選択） || Blue meets White || [[ラビアンローズ]] || Bright you now || 少林寺
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| キミノオモイデ || アマテラスステーション || 宇宙怪獣ギルギルガンの恐怖 || 上海
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| 第18話 || 火星からの逃亡者 || 地球周辺宙域 || Burning heart, Flying high || 重慶
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=== シーン4　暗雲 ===
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! タイトル !! マップ
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| 第19話 || 偉大な翼、そして天の光 || [[科学要塞研究所]]
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| rowspan="3" | 第20～22話（選択） || Strange bait || 光子力研究所
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| 二つの顔を持つ男 || 富士樹海
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| タイムラグは90秒 || 日本海沿岸
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| 第23話 || 夢幻回廊 || 第3新東京市
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=== シーン5　冥王計画 ===
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! タイトル !! マップ
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| 第24話 || 冥府への扉 || 日本近海
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| rowspan="3" | 第25～27話（選択） || 光に導かれし者達 || 砂漠
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| 仕組まれた引き金 || 第3新東京市
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| 猛攻、毒蛇部隊 || 日本近海
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| 第28話 || 月下の惨劇 || 富士樹海
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| 第29話 || 冥王、暁に出撃す || [[鉄甲龍]]要塞
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=== シーン6　ムーンレイカー作戦・果て無き闘争 ===
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! rowspan="2" | 選択分岐 !! colspan="2" | ムーンレイカー作戦<br />（宇宙へ向かわせる） !! colspan="2" | 果て無き闘争<br />（地上に残す）
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! タイトル !! マップ !! タイトル !! マップ
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| 第30話 || Break through the Falcon || 地球周辺宙域 || 赤き龍の輝き || 早乙女研究所
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| 第31話 || 輝く刃は僕らと共に || 螺旋城 || 暴悪の鎧武者 || 富士樹海
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| 第32話 || MOONRAKER || ギガノス本部 || 奈落の底への招待状 || ムトロポリス
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| 第33話 || 虹を越えて || アルデバラン || 決戦！ 大海獣 || ニライカナイ
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| 第34話 || 断ち切られたLOOP || 南西諸島 || 騎士、炎の空より || 南西諸島
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=== シーン7　終末の予兆 ===
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! タイトル !! マップ
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| 第35話 || Hemisphere || TOKYO JUPITER近海
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| 第36話 || 命の行方 || 東京付近
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| 第37話 || 男の戦い || 第3新東京市
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| 第38話 || かつて誓った平和のために || 地球周辺宙域
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| 第39話 || 終局への螺旋階段 || 螺旋城
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=== シーン8　異界への逆襲 ===
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! タイトル !! マップ
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| 第40話 || Bye-bye Jupiter || TOKYO JUPITER近海
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| 第41話 || ここより永遠に || ニライカナイ
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| 第42話 || 神よ、百鬼のために泣け || 早乙女研究所
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| 第43話 || Zero or Infinity? || 星見町
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| 第44話 || クロノスの大逆襲 || 天空魔城
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=== シーン9　バグラチオン作戦 ===
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! タイトル !! マップ
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| 第45話 || Dearest || 地球周辺宙域
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| rowspan="3" | 第46～48話（選択） || Starlight serenade || 月周辺宙域
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| キミノオモイデニ、サヨナラ || [[火星]]
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| 一輪の花と緑の星と || スカルムーン基地
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| 第49話 || シト新生 || 第3新東京市
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=== シーン10　そして、約束の地へ ===
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! タイトル !! マップ
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| 第50話 || 勝利者達の挽歌 || ギガノス本部跡
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| 第51話 || 希望、それは最後のGEAR || ガルファ本星宙域
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| 第52話 || W-Infinity || ガルファ本星
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| 第53話 || 魂のルフラン || 第3新東京市
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| 第54話 || 遙か久遠の彼方 || 宇宙空間
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| 最終話 || 約束の地 || 境界空間
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